La morte di don Emilio, nel febbraio 1992, avvenne alla vigilia di due importanti avvenimenti, che egli attendeva trepidante: la visita del presidente della Repubblica Francesco Cossiga alle malghe di Porzus e, soprattutto, la visita di Papa Giovanni Paolo II in Friuli, già programmata per maggio 1992. Don Emilio vide dal cielo questi due incontri.
In entrambi i casi egli venne ricordato come protagonista e testimone della presenza di Dio nella storia.
Don Emilio morì al Santa Maria della Misericordia di Udine il 3 febbraio 1992. Era stato ricoverato una quindicina di giorni prima, nel reparto di Cardiologia. Gli ultimi mesi erano stati piuttosto pesanti: il 23 novembre 1991 era stato aggredito da due persone che, per recuperare pochi spiccioli, lo avevano legato e malmenato; prima di Natale si era messo in viaggio in auto fino a Napoli, per recuperare uno dei suoi tanti figlioli discoli. Il ricovero, a metà gennaio 1992, sembrava un semplice periodo di controllo e di cura, ma qualche giorno dopo, nel corso di un esame, si verificò un aggravamento della situazione. L’agonia di don Emilio durò fino al mattino del 3 febbraio, quando esalò l’ultimo respiro. In quei pochi giorni riuscì a salutare tantissime persone, che si recarono commosse al suo capezzale.
L’impatto in tutto il Friuli fu enorme. I titoli dei giornali di quei giorni, oltre a ricordare le sue innumerevoli opere di carità, evidenziarono la diffusa fama di santità che circondava la sua figura.
I funerali ebbero luogo il 5 febbraio 1992 in Duomo a Udine, con la partecipazione corale di 5 vescovi, trecento sacerdoti e migliaia di fedeli commossi. Don Emilio è stato sepolto nella tomba dei benefattori della città, nel Cimitero urbano di San Vito.
La memoria di don Emilio è stata custodita dalla sorella Maria (scomparsa nel 2005) e da Ugo (mancato a gennaio 2020), oltre che dalla Fondazione della Casa dell’Immacolata e dall’Associazione Amici di don Emilio de Roja. Poche settimane dopo la sua scomparsa, Papa Giovanni Paolo II visitò la Casa dell’Immacolata e definì don Emilio “Generoso apostolo della Carità, infiammato dall’amore per il prossimo, ha cercato sempre di recare aiuto a chiunque si trovasse in difficoltà, testimone solido e concreto della Divina predilezione per gli ultimi e che viene considerato come esempio di Buon Samaritano.”